Inom företagshälsovården är det av största vikt att följa upp kvalitet och effektivitet. Varje enhet ska ha sitt eget skriftliga kvalitetssystem som följer principerna för god företagshälsovårdspraxis. Det ska beskriva den samlade verksamheten på enheten: ledarskap, personal, stödfunktioner, nätverkssamarbete och servicestruktur.